Conduzido a codificação é em geral melhor do que a codificação tradicional.conduzido codificações que propusemos.conduzido a codificação funciona melhor para os traços de olygogenic, que dependem relativamente pequeno número de marcadores.Para estas características de olygogenic, alguns marcadores são significativamente associados com eles.codificação impulsionada não só é capaz de melhorar o desempenho para o modelo de epistasia, mas também para o modelo único marcador.
Especificamente, Meuwissen et al.Então, podemos medir a correlação das fileiras entre estes quatro combinações.O melhor de nosso conhecimento, este é o primeiro artigo que discute os efeitos das codificações para o problema de previsão de traço genético.técnicas de arte e tem também gerou uma série de variantes interessantes.
Assim, os marcadores contribuem de forma diferente para o traço.que consiste de dois painéis de diversidade do milho com Flint 300 e 300 linhas de Dent, desenvolvidas para o programa de CornFed Europeu.Neste experimento, utilizamos apenas Dent o conjunto de dados.Havia dois traços do fenótipo, o primeiro um quantitativo traço e o segundo um traço de binário.é a função para calcular o valor médio.
algoritmo de codificação conduzido pode ser novamente prorrogado para efeitos de epistasia dimensional superiores.onde σ e 2 é o erro residual.Como a multiplicação é um dos mais populares modelos de epistasia, neste trabalho, consideramos apenas o modelo de multiplicação para epistasia.Todos os marcadores são codificados da mesma maneira.é uma melhor codificação no conjunto de dados de Dent.
é o valor para o genótipo heterozigoto, 0 e 2 são para o genótipo homozigoto, um alelo principais, um alelo de mineiro.Quanto maior o r 2, melhor a regressão é e melhor a previsão.codificação conduzido tem a vantagem de que não precisamos se preocupar com a seleção das codificações.conduzido a codificação não é capaz de melhorar o desempenho de previsão muito.conduzido codificações destes marcadores aproximam-se o valor dos traços e eles podem ser mais facilmente identificados na regressão.Opção binária clube revisão, opções SCAM exposto com provas!
A regressão baseada as codificações de novas assim mais eficazmente pode identificar as contribuições dos marcadores, levando a melhor precisão.conduzido a codificação é capaz de melhorar o desempenho da previsão em geral.a base é para ser expandida.
com 20 fundadores, cinco machos e 15 fêmeas.O significado das outras células pode ser deduzido da mesma forma.é a codificação tradicional para um par de genótipo heterozigoto e genótipo homozigoto com alelo mineiro.Podemos ver que as fileiras de diferentes estratégias de codificação tem correlações muito baixas, indicando que diferentes codificações levam a epistasia completamente diferentes efeitos.conduzido a codificação por alargar a estratégia de codificação para marcadores simples.
Em seguida, aplicamos a nova estratégia de codificação para quatro diferentes conjuntos de dados.conduzido a codificação funciona mal para todos os casos, indicando que é importante também levar em consideração a relação de genótipos homozigotos e heterozigotos.ou seja, 100 amostras cada um com 500 genótipos.Primeiro mostramos que diferentes codificações levam a precisão de previsão diferente, em muitos casos de teste.Jornal da ciência de laticínios.
é considerada significativa.seleção assistida usando regressão do cume.Yuan M, y: de Lin Yuan M, Y Lin, estimativa de regressão com variáveis agrupadas e seleção de modelo.Realizamos os experimentos apenas no conjunto de dados de milho como é o único conjunto de dados que é pequeno o suficiente para uma busca extensiva.Pelo contrário, para os traços poligênicos, que dependem de um grande número de marcadores, todos estes marcadores têm associações semelhantes.
os traços são oligogenic e o desempenho da codificação híbrida é melhor do que com a codificação tradicional.Apenas traços 2 e 4 foram selecionados para o estudo aqui.Para a codificação tradicional, o mesmo genótipo dos diferentes marcadores são codificadas com o mesmo valor.
Lorenz AJ, Iwata h: seleção genômica em melhoramento de plantas: da teoria à prática.é o conjunto de traços para as amostras cujos genótipos tradicionais no marcador, j são 0 e 0, respectivamente.assistido a seleção no melhoramento de plantas: de publicações para a prática.O coeficiente a marcadores de β eu e o erro residual e l são gerados também aleatoriamente.é o conjunto de traços para as amostras cujo genótipo tradicional no marcador é 0 ou 1 ou 2 e no marcador j é 0, respectivamente.
conduzido a codificação é significativamente melhor do que com a codificação tradicional.Jornal da ciência de laticínios.codificação conduzido alcança melhor desempenho do que o da codificação tradicional.Enquanto que no nosso caso, as fileiras relataram por sobreposição de codificações diferentes, mas podem conter diferentes pares de SNP.
VanRaden p: Métodos eficientes para calcular previsões genômicas.Jornal de Sião na computação científica.marcadores e 413 amostras.
e aplicamos rrBLUP em todos os três traços de Dent sob cada codificação, respectivamente.Nós variamos o valor de s como 5, 10, 20, 50, 100, com pequena para traços de oligogenic e grande s para traços poligênicos.indica os valores de traço para todas as amostras.Podemos simular tanto poligênicos traços e traços oligogenic.
correlação é um método popular para comparar duas fileiras.No estudo original, traço 2 foi redimensionado por uma média ponderada dos fenótipos de progênie corrigida.Testamos todos os efeitos de epistasia emparelhadas sob as quatro combinações de codificações e classificar os efeitos de epistasia, de acordo com sua informação mútua para o traço.Parque T, Casella g: O laço bayesiana.conduzido a codificação é capaz de melhorar o desempenho de previsão e em muitos casos a melhora é significativa.sativa, tomada de 82 países contendo 34 fenótipos.
genótipos foram sequenciados do chip Illumina PorcineSNP60 e completo informações estão disponíveis, o que nós não usamos neste estudo.as duas codificações alcançar um desempenho semelhante.Estrutura de árvore binária de MLM.Reuniões em genómica funcional.Todos os autores lido e aprovaram o manuscrito.pares, usando sua relevância, medida pela informação mútua, para o traço.
conduzido a codificação funciona melhor para os traços oligogenic.conduzido a codificação é capaz de melhorar a precisão de previsão para o modelo único marcador e modelo de epistasia, especialmente para os traços olygogenic.